För att beskattning ska kunna ske av mervärdet i varje led och bli en mervärdesskatt på konsumtion, är momsavdrag för kostnader en grundläggande förutsättning. Momsavdrag kan den göra som har avdragsrätt eller rätt till återbetalning. Utöver detta finns vissa avdragsförbud och begränsningar som hindrar momsavdrag. Se vidare ordet avdrag.
Fråga kan uppkomma om vissa kostnader är allmänna omkostnader eller om kostnaderna i stället kan kopplas till ägarrollen eller momsfria transaktioner. I flera rättsliga prövningar har momsavdrag nekats på kostnader som ansetts sakna direkt eller omedelbart samband med företagets momspliktiga verksamhet. Företaget måste visa att den ingående momsen kan kopplas direkt till momspliktiga transaktioner eller indirekt till allmänna omkostnader som är kostnadskomponenter i priset för momspliktiga varor eller tjänster. Se vidare ordet organisationskostnader.